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scRNAseq Analysis in R with Seurat

18 Session info 


library(pander)
demo.Rmd_session <- sessionInfo()
pander(demo.Rmd_session)

R version 4.4.0 (2024-04-24)

Platform: x86_64-pc-linux-gnu

locale: LC_CTYPE=en_AU.UTF-8, LC_NUMERIC=C, LC_TIME=en_AU.UTF-8, LC_COLLATE=en_AU.UTF-8, LC_MONETARY=en_AU.UTF-8, LC_MESSAGES=en_AU.UTF-8, LC_PAPER=en_AU.UTF-8, LC_NAME=C, LC_ADDRESS=C, LC_TELEPHONE=C, LC_MEASUREMENT=en_AU.UTF-8 and LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages: stats4, stats, graphics, grDevices, utils, datasets, methods and base

other attached packages: pander(v.0.6.6), edgeR(v.4.2.2), limma(v.3.60.6), celldex(v.1.14.0), SingleR(v.2.6.0), SingleCellExperiment(v.1.26.0), SummarizedExperiment(v.1.34.0), Biobase(v.2.64.0), GenomicRanges(v.1.56.2), GenomeInfoDb(v.1.40.1), IRanges(v.2.38.1), S4Vectors(v.0.42.1), BiocGenerics(v.0.50.0), MatrixGenerics(v.1.16.0), matrixStats(v.1.5.0), clustree(v.0.5.1), ggraph(v.2.2.1), harmony(v.1.2.3), Rcpp(v.1.1.0), future(v.1.67.0), patchwork(v.1.3.1), Seurat(v.5.3.0), SeuratObject(v.5.1.0), sp(v.2.2-0), ggplot2(v.3.5.2) and dplyr(v.1.1.4)

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