18 Session info
library(pander)
demo.Rmd_session <- sessionInfo()
pander(demo.Rmd_session)
R version 4.4.1 (2024-06-14)
Platform: aarch64-apple-darwin20
locale: en_US.UTF-8||en_US.UTF-8||en_US.UTF-8||C||en_US.UTF-8||en_US.UTF-8
attached base packages: stats4, stats, graphics, grDevices, utils, datasets, methods and base
other attached packages: pander(v.0.6.5), edgeR(v.4.4.0), limma(v.3.61.12), celldex(v.1.16.0), SingleR(v.2.8.0), SingleCellExperiment(v.1.28.0), SummarizedExperiment(v.1.36.0), Biobase(v.2.66.0), GenomicRanges(v.1.58.0), GenomeInfoDb(v.1.42.0), IRanges(v.2.40.0), S4Vectors(v.0.44.0), BiocGenerics(v.0.52.0), MatrixGenerics(v.1.18.0), matrixStats(v.1.4.1), clustree(v.0.5.1), ggraph(v.2.2.1), harmony(v.1.2.1), Rcpp(v.1.0.13), patchwork(v.1.3.0), Seurat(v.5.1.0), SeuratObject(v.5.0.2), sp(v.2.1-4), ggplot2(v.3.5.1) and dplyr(v.1.1.4)
loaded via a namespace (and not attached): fs(v.1.6.5), spatstat.sparse(v.3.1-0), httr(v.1.4.7), RColorBrewer(v.1.1-3), tools(v.4.4.1), sctransform(v.0.4.1), backports(v.1.5.0), alabaster.base(v.1.6.0), utf8(v.1.2.4), R6(v.2.5.1), HDF5Array(v.1.34.0), lazyeval(v.0.2.2), uwot(v.0.2.2), rhdf5filters(v.1.18.0), withr(v.3.0.2), gridExtra(v.2.3), downlit(v.0.4.4), progressr(v.0.15.0), cli(v.3.6.3), spatstat.explore(v.3.3-3), fastDummies(v.1.7.4), alabaster.se(v.1.6.0), labeling(v.0.4.3), sass(v.0.4.9), spatstat.data(v.3.1-2), ggridges(v.0.5.6), pbapply(v.1.7-2), parallelly(v.1.38.0), rstudioapi(v.0.17.1), RSQLite(v.2.3.7), generics(v.0.1.3), ica(v.1.0-3), spatstat.random(v.3.3-2), Matrix(v.1.7-1), fansi(v.1.0.6), abind(v.1.4-8), lifecycle(v.1.0.4), yaml(v.2.3.10), rhdf5(v.2.50.0), SparseArray(v.1.6.0), BiocFileCache(v.2.14.0), Rtsne(v.0.17), grid(v.4.4.1), blob(v.1.2.4), promises(v.1.3.0), ExperimentHub(v.2.14.0), crayon(v.1.5.3), miniUI(v.0.1.1.1), lattice(v.0.22-6), beachmat(v.2.22.0), cowplot(v.1.1.3), KEGGREST(v.1.46.0), pillar(v.1.9.0), knitr(v.1.48), future.apply(v.1.11.3), codetools(v.0.2-20), leiden(v.0.4.3.1), glue(v.1.8.0), spatstat.univar(v.3.0-1), data.table(v.1.16.2), vctrs(v.0.6.5), png(v.0.1-8), gypsum(v.1.2.0), spam(v.2.11-0), gtable(v.0.3.6), cachem(v.1.1.0), xfun(v.0.49), S4Arrays(v.1.6.0), mime(v.0.12), tidygraph(v.1.3.1), survival(v.3.7-0), statmod(v.1.5.0), fitdistrplus(v.1.2-1), ROCR(v.1.0-11), nlme(v.3.1-166), bit64(v.4.5.2), alabaster.ranges(v.1.6.0), filelock(v.1.0.3), RcppAnnoy(v.0.0.22), bslib(v.0.8.0), irlba(v.2.3.5.1), KernSmooth(v.2.23-24), colorspace(v.2.1-1), DBI(v.1.2.3), tidyselect(v.1.2.1), bit(v.4.5.0), compiler(v.4.4.1), curl(v.5.2.3), httr2(v.1.0.5), BiocNeighbors(v.2.0.0), hdf5r(v.1.3.11), xml2(v.1.3.6), DelayedArray(v.0.32.0), plotly(v.4.10.4), bookdown(v.0.41), checkmate(v.2.3.2), scales(v.1.3.0), lmtest(v.0.9-40), rappdirs(v.0.3.3), stringr(v.1.5.1), digest(v.0.6.37), goftest(v.1.2-3), spatstat.utils(v.3.1-0), presto(v.1.0.0), alabaster.matrix(v.1.6.0), rmarkdown(v.2.28), XVector(v.0.46.0), RhpcBLASctl(v.0.23-42), htmltools(v.0.5.8.1), pkgconfig(v.2.0.3), sparseMatrixStats(v.1.18.0), highr(v.0.11), dbplyr(v.2.5.0), fastmap(v.1.2.0), rlang(v.1.1.4), htmlwidgets(v.1.6.4), UCSC.utils(v.1.2.0), shiny(v.1.9.1), DelayedMatrixStats(v.1.28.0), farver(v.2.1.2), jquerylib(v.0.1.4), zoo(v.1.8-12), jsonlite(v.1.8.9), BiocParallel(v.1.40.0), BiocSingular(v.1.22.0), magrittr(v.2.0.3), GenomeInfoDbData(v.1.2.13), dotCall64(v.1.2), Rhdf5lib(v.1.28.0), munsell(v.0.5.1), viridis(v.0.6.5), reticulate(v.1.39.0), stringi(v.1.8.4), alabaster.schemas(v.1.6.0), zlibbioc(v.1.52.0), MASS(v.7.3-61), AnnotationHub(v.3.14.0), plyr(v.1.8.9), parallel(v.4.4.1), listenv(v.0.9.1), ggrepel(v.0.9.6), deldir(v.2.0-4), Biostrings(v.2.74.0), graphlayouts(v.1.2.0), splines(v.4.4.1), tensor(v.1.5), locfit(v.1.5-9.10), igraph(v.2.1.1), spatstat.geom(v.3.3-3), RcppHNSW(v.0.6.0), reshape2(v.1.4.4), ScaledMatrix(v.1.14.0), BiocVersion(v.3.20.0), evaluate(v.1.0.1), BiocManager(v.1.30.25), tweenr(v.2.0.3), httpuv(v.1.6.15), RANN(v.2.6.2), tidyr(v.1.3.1), purrr(v.1.0.2), polyclip(v.1.10-7), future(v.1.34.0), scattermore(v.1.2), ggforce(v.0.4.2), rsvd(v.1.0.5), xtable(v.1.8-4), RSpectra(v.0.16-2), later(v.1.3.2), viridisLite(v.0.4.2), tibble(v.3.2.1), memoise(v.2.0.1), AnnotationDbi(v.1.68.0), cluster(v.2.1.6) and globals(v.0.16.3)